前總統陳水扁身陷國務機要費等弊案之前，曾經在特偵組偵辦時，當著檢察官的面告發李登輝前總統另涉國安密帳案及洗錢案，扁與李登輝在政治上的恩怨情仇，在官司纏身時，扁拉阿輝伯下水的心態，不難理解，但也自曝檢方當年偵辦時，外界一再質疑的檢方「放水」不辦李登輝。
扁卸任總統後，特偵組擴大偵辦扁涉犯的國務機要費，並查出扁另涉龍潭購地案和海角7億洗錢等案，扁為了自保，拉李登輝下水，告發李登輝用人頭匯出10億元，此外，在法院審理時，扁也當庭多次指控李登輝，也有拿國務費報自家費用的問題，把自己涉及的官司與李登輝扯在一起。
在當時，陳水扁即透過扁辦，提出李登輝國安密帳匯款資料，包括利用旅行支票、透過潤泰集團尹衍樑，最後錢進台綜院等。
在扁執政初期，北檢偵辦國安密帳時，檢方原擬聲押劉泰英，並傳喚李登輝到案說明，但未獲「長官」支持，甚至傳出長官阻撓的消息，外界解讀檢方在高層指示下「吃案」，但在扁公開當年未辦李登輝的內幕後，也印證檢方被迫吃案的實情。
國安密帳案的偵辦，在當時的台北地檢署檢察長黃世銘被迫下台後，只起訴了「奉命行事」的會計長徐炳強，當時法界就傳聞起訴書遭長官「修改」，國安密帳案的卷證資料被檢方技巧切割，以致辦不到李登輝。 【聯晚╱董介白】
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總長換了人 - 結果也不同
特偵組偵辦國安秘帳案之「鞏案」墊款，依貪污等罪將前總統李登輝起訴，為大選前的國內政壇投下一顆震撼彈。過去，扁執政，北檢偵辦國安密帳時，也曾一度牽扯李前總統，但最後不了了之；如今政黨再次輪替，以及檢察總長換人做之後，同樣事證，竟能「奇蹟地」發生不同的結果，「司法」的天平，難道會因人而異嗎？在「鞏案」起訴之後，這項問題值得深思。
特偵組偵辦「鞏案」，上午將李登輝起訴，除了特偵組檢察官抽絲剝繭地偵辦外，檢察總長黃世銘無疑是幕後「推手」。不僅是鞏案，黃世銘自從去年4月接掌最高檢察署之後，隔月即大幅調整特偵組的體質，接下來，正己專案的查辦法官、檢察官，以及羅福助的涉嫌炒股案，以及上午起訴的「鞏案」都是從層層的困難的老案中，釐清案情，獲得與先前不一樣的結果。
目前特偵組手上還有「319案」、「軍購弊案」等不少疑難雜症的案件正積極偵辦，對於這位檢察總長一年來的表現，馬英九總統應頗有「深慶得人」之感，不過，如果司法案件之偵辦，會因「誰當總長」而異，豈非另一種悲哀。 【聯晚╱吳志雲】
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